看你应该已经设置好了SNI，那就和文件名顺序无关。
我只用过纯apache的ssl，没怎么用过nginx和nginx+apache。
不知道nginx反代是OSI模型哪一层的，如果SSL涉及上三层，而反代只是最顶上一层那么会出错。
看楼主nginx没报错但证书错，那么猜测发起https连接时nginx返回的是自己的证书，而非apache的证书。（而且我觉得反代前端不太可能直接把SSL证书直接传递给后端，因为这样前端就无法替换页面里的URL）
但上面有人说nginx和apache是一样的，所以我不敢确定。
不过最简单的解决方法当然还是21楼。